Le 6 juin 2011, Francis Gillot est nommé nouvel entraîneur des Girondins de Bordeaux. Assisté de René Lobello et Alain Bénédet, il rejoint la Gironde après un exercice sochalien réussi. Cette nouvelle équipe succède à Éric Bedouet qui a assuré un intérim de plusieurs semaines suite au départ de Jean Tigana au soir du 7 mai 2011.
À l’inter-saison, plusieurs joueurs emblématiques du titre de Champion de France 2009-2010 quitte les Girondins : Wendel est officiellement transféré à Al Ittihad Djeddah, Fernando Menegazzo s’engage lui avec Al Shabab Riyad. Enfin, l’ex capitaine Alou Diarra signe lui à… Marseille.
Côté recrutement, Bordeaux ne déboursera pas un centime lors de ce marché des transferts : Landry Nguemo et Nicolas Maurice Belay rejoignent la Gironde, libre de tout contrat.
Après une première partie de saison poussive, le FCGB se décidera à recruter lors de la fenêtre hivernale : Ludovic Obraniak arrive de Lille contre 3M€ alors qu’il se dirigeait vers la fin de son contrat avec les Dogues et le brésilien Mariano arrive de Fluminense au poste de latéral droit.
Dixièmes à la trêve, les Girondins vont alors enclencher une belle remontada lors de la seconde partie de saison. Ils démarreront l’année 2013 avec deux victoires et un match nul en trois matchs contre Valenciennes, Toulouse et Évian. S’en suivra un match d’anthologie à Lille où Ludovic Obraniak inscrira le but du… 5-4 face à ses anciens partenaires à la 93ème minute de jeu alors que Nolan Roux avait lui égalisé à la 90ème minute de la rencontre.
Bordeaux confirmera le match d’après contre Lyon (1-0) grâce à Gouffran et chutera à Montpellier lors de la 26ème journée de Championnat. Perdre, les Girondins ne connaîtront cela qu’à une seule reprise lors de cette fin de saison : à Caen lors de la 31ème journée (0-1). Car après un match nul arraché à Nancy sur un penalty de Benoît Trémoulinas inscrit à la 90ème (2-2 score final), les marine et blanc enchaîneront ensuite 7 victoires consécutives dont une victoire face à Marseille grâce à un doublé de Jussiê (2-1) pour démarrer cette superbe série. Après cela, Sochaux (3-0), Rennes (2-0), Auxerre (4-2), Lorient (1-0) et Saint-Étienne (3-2) tomberont face aux marine et blanc.
À la suite de son succès sur la pelouse de Geoffroy-Guichard (doublé de Diabaté, réalisation de Gouffran), les hommes de Francis Gillot termineront à la 5ème place du classement de Ligue 1 confirmant leur billet pour la saison prochaine en Europa League.