Au mois de mai 2016, le FC Girondins de Bordeaux officialise l’arrivée de Jocelyn Gourvennec au poste d’entraîneur de l’équipe première. Il succède à Ulrich Ramé, qui avait tenu les rênes de l’équipe lors de la fin de saison 2015-2016. Débarqué de Guingamp, Jocelyn Gourvennec fait venir l’un de ses hommes de confiance en la personne de Jérémy Toulalan. Le milieu de terrain français arrive de Monaco où il était en fin de contrat. Le latéral Youssouf Sabaly est également prêté par le Paris SG. Bordeaux signe « l’opportunité » François Kamano (Bastia) et tente également le pari Jérémy Ménez (libre).
Du côté des départs, l’immense Cheick Diabaté quitte les Girondins, en fin de contrat. Frédéric Guilbert est lui prêté à Caen et d’autres joueurs quittent le navire, comme Lamine Sané (Werder Brême), Enzo Crivelli (prêté au SC Bastia) ou bien encore Clément Chantôme (fin de contrat) ; et André Poko est lui poussé vers la sortie par les supporters après s’être affiché sur les réseaux sociaux vêtu d’un maillot de Marseille… et fumant une chicha, partagée avec son ami Mario Lemina.
Lors du premier mach de la saison, Gaëtan Laborde, revenu de prêt inscrit le premier but des Marine et Blanc et Bordeaux gagne face à Saint-Étienne sur le score de 3-2. Vite déstabilisés dans la foulée, à Toulouse (1-4), les Girondins se reprennent ensuite en battant Nantes (1-0) et e infligeant aux Lyonnais leur première défaite de l’histoire au Parc OL (3-1). La saison se poursuit et la patte Gourvennec se pose doucement… jusqu’à un hiver très difficile, où les Girondins patinent : nul contre Bastia (1-1, J15), défaites contre Lille (J16) et Monaco (J17) à domicile, puis à Montpellier (0-4), avant un nouveau match nul face à Nice (J19).
Durant le mercato estival, les Marine et Blanc ajustent leur effectif avec une arrivée qui leur fera le plus grand bien : Younousse Sankharé quitte Lille et retrouve Gourvennec, connu à Guingamp, en venant à Bordeaux pour remplacer Grégory Sertic, qui file lui à… Marseille. Disposant de peu de temps de jeu, Pablo, Cédric Yambéré et Isaac Kiese Thelin sont eux prêtés au Brésil, à Chypre et en Belgique.
Au début 2017, Jocelyn Gourvennec revoit ses plans et propose désormais un 4-3-3 avec Jérémy Toulalan aligné au poste de sentinelle et Younousse Sankharé dans l’axe gauche de ce milieu à trois. Les Girondins reprendront leur envol avec trois défaites seulement en Ligue 1 sur leur seconde moitié d’exercice, dont deux contre Monaco et Paris. Younousse Sankharé signera 4 buts et délivrera aussi 4 passes décisives lors des matchs retours du championnat et le joli trio offensif KLM (Kamano, Laborde, Malcom) se révélera.
La fin de saison girondine sera récompensée d’une 6ème place au classement – avec 59 points, non-loin du Top 5 voire du Top 4 -, synonyme de qualification au troisième tour préliminaire de l’Europa League, en raison des succès du Paris S-G en Coupe de France et en Coupe de la Ligue.
A souligner aussi qu’en mars 2017, le président Jean-Louis Triaud, après une vingtaine d’années plutôt positives dans l’ensemble, laisse sa place à Stéphane Martinde 20 ans son cadet et venant du monde bancaire avec une (très) lourde succession à assumer.