Les Girondins de Gillot attaquent la préparation de leur saison 2012-2013 à Divonne-les-Bains. Plusieurs rencontres amicales seront au programme : sur ses sept rencontres, le FCGB en gagnera trois (Châteauroux, Toulouse et la Real Sociedad) pour deux matchs nuls (Nice et Lorient) et deux défaites (AC Ajaccio et Naples).
Peu de mouvements sont à signaler durant le mercato estival : seuls des retours de prêts de Vujadin Savic, Grzegorz Krychowiak, Salif Sané et Maxime Poundjé se démarquent du côté des arrivées mais Salif Sané est notamment transféré dans la foulée à Nancy. Côté départ, Michaël Ciani rejoint lui la Lazio de Rome. Enfin, plusieurs joueurs signeront leur premier contrat professionnel cet été : Evan Chevalier, Hadi Sacko mais aussi Maxime Poundjé et Gaëtan Laborde.
En Championnat, les Girondins ne perdront qu’à deux reprises lors de la phase aller, mais leur nombre de matchs nuls (10 dont 5 consécutifs en décembre) les porteront à la 7ème place de Ligue 1 à la trêve. Devant, Henri Saivet, Ludovic Obraniak, Cheick Diabaté et Yoan Gouffran sont les principaux buteurs de cette première partie de saison. Ce dernier quittera la Gironde pour Newcastle-upon-Tyne lors du mercato hivernal. Diego Rolan arrivera lui en provenance du Defensor SC (Uruguay).
Avec sept défaites en Championnat lors de la phase retour, c’est en Coupe de France que les marine et blanc procureront de belles émotions à leurs supporters. Lors de cette saison 2012-2013, les Girondins arrachent leur qualification en 16ème de finale grâce au but du 3-2 de Mariano inscrit à la… 91ème minute du match contre Châteauroux. En 16ème, les coéquipiers de Carlos Henrique disposent de l’AS Moulins grâce notamment à un but de Benoît Trémoulinas.
Après l’AS Moulins, le FCGB affronte à nouveau une équipe de CFA en 8ème : l’ US Raon l’Etape qu’il battra aux tirs au but après un score de 2-2 à l’issue du temps réglementaire. Contre Lens, en quarts de finale, Bordeaux tremble mais passe : 3-2 dont un doublé inscrit par l’inégalable Cheick Diabaté.
Pendant ce temps-là, Saint-Étienne est éliminé par Lorient (1-2), Troyes s’offre Nancy (3-0) et Paris chute contre… Évian Thonon Gaillard aux tirs au but (1-1, 4 tab 1).
Évian TG obtiendra sa qualification en finale grâce à un net contre Lorient : 4-0 au Parc des Sports, Annecy. À Troyes et dans son stade de l’Aube, les Girondins l’emportent 2-1 grâce à un but contre son camp de Jérémie Bréchet.
Au Stade de France le 31 mai 2013, les deux équipes se retrouvent donc avec ce précieux trophée à la clé. Dans une rencontre débridée, les deux formations se rendront coup pour coup : Cheick Diabaté ouvre le score à la 39ème minute de jeu avant de manquer le penalty du 2-0 (48è) juste avant que Yannick Sagbo n’égalise à la 51ème minute. Henri Saivet redonnant lui l’avantage aux bordelais deux minutes plus tard !
Après une nouvelle égalisation de l’ETG signée Dja Djédjé à la 70ème minute, Cheick Diabaté, encore lui, assurera le but du trophée aux siens à la 89ème minute de jeu. Devant plus de 77.000 spectateurs, Bordeaux soulève la Coupe de France et obtient une nouvelle qualification en Coupe d’Europe.
En championnat, les marine et blanc termineront à la 7ème place. À l’image du parcours en Coupe de France lors de cette saison 2012-2013, le parcours en Europa League sera lui aussi glorieux : après quatre victoires, un match nul et une défaite une phase de poules contre Newcastle, Maritimo et Bruges, les Girondins termineront premiers de leur groupe. En 16ème de finale, après un match nul 1-1 à l’aller, Cheick Diabaté donnera le but de la qualif’ contre le Dynamo Kiev. Avec les honneurs, les marine et blanc tomberont finalement face au Benfica en 8ème de finale (0-1 et 2-3).